وكالة شؤون المدربين هي الجهة الأولى المسؤولة عن سير العملية التدريبية، وتندرج في الهيكل التنظيمي تحت العمادة، وتضم الأقسام التدريبية وقسم التدريب الإلكتروني ومصادر التدريب، وهي منوطة بعدد من المهام؛ إذ تقوم بإدارة الشؤون الإدارية والمالية لوكالة التدريب، وإدارة الشؤون التدريبية في المنشأة، والإشراف على المبادرات والمساهمات، وتنمية ورعاية المتميزين من أعضاء هيئة التدريب، وإدارة التواصل وتنمية العلاقات بين منسوبي المنشأة، والإشراف على متطلبات الأمن والسلامة المتعلقة بمرافق التدريب، إضافة إلى إعداد التقارير الخاصة بالأنشطة والمهام.