تختص إدارة الاستثمار والتخصيص بالعمل على استثمار وتأجير أصول المؤسسة القابلة للاستثمار بما يعود بالفائدة عليها ويساعد على تنوع مصادر الدخل بما يخدم أهداف الدولة حسب الصلاحيات الممنوحة لها.
كما تقوم الإدارة على مباشرة اعمال ملف التخصيص بالتنسيق مع وزارة التعليم والجهات الحكومية ذات العلاقة وإدارة المحفظة الخمسية للمشاريع الرأسمالية للمؤسسة بالتنسيق مع هيئة كفاءة الانفاق.